任何一种手术不管手术大小和难易，都存在风险。先天性肠闭锁手术的风险，如果患者只是单纯的闭锁，手术风险并不大；如果患者是特殊类型的闭锁。如患者是苹果皮样分布的闭锁，那手术的风险就很高。由于患者的肠管发育的严重畸形、血管神经分布的严重畸形，即使手术顺利进行，患者术后恢复也会出现较大的问题；如果患者是多发闭锁，可能需要切除过多的肠管而造成孩子术后的短肠，患者术后的营养状况、营养吸收都可能出现较大的问题，例如术后会出现肠粘连、肠梗阻，可能有二次手术或多次手术的风险；如果是宫内出现胎粪性腹膜炎造成的肠闭锁，术后可能还需要多次手术，术后的肠功能恢复也需要相当长的时间，肠营养吸收方面也会出现比较明显的障碍。所以，肠闭锁手术上的风险有很多，但是要根据患者手术的情况及造成肠闭锁的原发病分析，具体作出判断。