经皮肾镜是体外治疗肾结石的一种常见手术方法。但这种方法属于有创治疗法。它主要是经过肾外面的皮肤，通过穿刺法穿到肾盂内，相当于在肾上打洞，用专门的特殊器械，逐渐扩大到大约跟筷子粗细，或稍微更粗一些。通道打通了以后，使用专业器械进到肾盂内，寻找石头的位置，进去以后把石头打碎，打碎后通过通道把碎石吸出。处理干净后，再往肾脏内放一个支架管，即从肾脏放到输尿管。之后，在最开始时候做的通道上放一根肾造瘘管，肾造瘘管一般手术以后，一周左右拔除。
肾结石是一些晶体物质和有机基质在肾脏的异常聚积所致，为泌尿系统的常见病、多发病，男性发病多于女性，多发生于青壮年，左右侧的发病率无明显差异，90%含有钙，其中草酸钙结石最常见。肾结石一般比较常见的症状是患者出现肾绞痛。表现出腰部的绞榨样疼痛，这个疼痛较剧烈，患者可能会合并有尿频、尿急、血尿或其他一些排尿的不舒服症状。一般把疼痛如果分为0到10级，肾绞痛疼痛一般在8到9级之间。所以这个疼痛对于正常人，比较难以忍受。
中医药治疗是肾结石药物治疗的一种。中医多以清利湿热、通淋排石为治疗方法。中医药治疗结石有的副作用少，有预防结石复发的优点。结石患者应用中医治疗，尚需注意以下几个方面。一，把握中药排石疗法的适应症。运用排斥疗法的条件是，结石直径小于1厘米，形状规则、表面光滑，并且与肾盂肾盏无粘连而游离于腔内者。二、尿道没有明显的狭窄畸形和感染。三、没有严重的肾积水，肾功能尚好者。四、青壮年体质好，能配合大量饮水和参加有利于排石的体育活动。只有充分了解用排石药的条件，患者才能对多种治疗手段做出最佳的是我的选择，才能够更好的应用药物排出肾结石。
肾结石不痛也是需要治疗的。一般情况下，结石引起的泌尿系急性梗阻都会造成肾绞痛，在不运动的时候可能不会引起疼痛，一旦移动或者剧烈运动的时候，则会导致疼痛加剧。而普通的肾结石很容易引起忽视，而不去积极的治疗。有些结石造成慢性梗阻，仅仅只会引起腰部的胀痛等不适，甚至没有明显症状。因此患者不会积极的去处理它，忽视它的治疗。
肾结石的治疗是不能够通过多饮水痊愈的，需要根据结石的大小及阻塞部位综合考虑。多喝水可以稀释尿液，防止结石的形成，并且能延缓结石变大的速度，因此对肾结石的预防有着非常重要的意义。同时，大量饮水也使得小结石的下移排出过程更为顺利。对于0.3厘米以下的小结石，靠着多喝水，还有跑步、跳绳等运动是可以通过泌尿系统排出体外的。当结石直径超过0.8厘米时，结石基本上不可以通过输尿管和尿道自行排出。大结石再向下移动的过程中，常常会卡在狭窄处，造成梗阻。这种情况下过度饮水反而会对泌尿系统造成较大的压力，甚至引起肾结积水。此外，有先天性输尿管狭窄和尿路梗阻的人，尤其不能采用喝水排石的方法。如果这些肾结石患者盲目多喝水，只会加剧肾结石的程度恶化病情，增加治疗的难度。所以当结石超过了一定的大小，或者合并有输尿管狭窄和尿路梗阻时，应及时就医，确定科学的治疗方案。
肾结石并不是一次治愈后就是一劳永逸、完全康复。出院后要注意定时回医院复诊检查肾结石。肾结石患者如果能够做到平时生活饮食上的注意事项，养成每天多喝水的习惯，控制蛋白质、糖的摄入量，那么复发的几率就会很低。