灼口综合症其实病因不是很清楚，因为没有办法完全的了解它有没有器质性的病变，一般在嘴里什么也看不见，只是它是一种感觉的异常。但是对灼口综合症进行研究，比如更年期、焦虑、抑郁的研究，发现有2/3的患者有焦虑和抑郁或者是处于更年期的病人，因为这些病人同时会有其他的躯体症状，比如他也会有头疼、肩疼或者其他的情况，所以认为灼口综合症应该是和精神因素密切相关。当然还有1/3病因不是很清楚，患者也不焦虑、也不抑郁，就觉得舌头疼或者不舒服，因为灼口综合症也不光表现为疼，有些人还会表现为麻、砂粒感、移走感等。总体来讲灼口综合症还是中枢神经的超敏，跟精神因素有关系。可能是某些精神疾病的躯体症状，因为在临床上一个是通过筛查，发现灼口综合症的病人里，有一部分本身就是有焦虑和抑郁，一般建议他到精神科就诊，精神科就诊诊疗之后他口腔症状就好转了，还有一部分病人本身就被诊断过焦虑抑郁，他停药了，就出现了口腔症状。所以在临床上，还建议患者到精神科吃药进行检查。所以灼口综合症应该是一个跟精神疾病相关的疾病。也可能有其他更细致的划分。
灼口综合症最主要的特点就是患者觉得自己口腔烧灼疼，就是主观感觉特别重，但实际上临床检查一切正常，主要是体征和主观感觉完全不符合。比如他觉得舌头疼得不得了，一看舌头正常；他觉得舌头蚂蚁在爬，但看不见蚂蚁在爬；他有移走感但是你客观的什么也看不见；还有就是越待着它越疼，比方说他自己待着，他觉得烧灼疼特别的重，只要一吃饭他就好了。实际上都是跟临床相反，比如如果口腔有溃疡，口腔真正有病损，这种情况下患者不敢吃东西，吃东西就觉得疼，实际上患者会回避去吃东西，但是这些病人他的特点就老想吃东西，就是越吃东西他越好受一点，只要不吃东西，他就觉得难受，越待着越难受。还有很多的病人早上刚一起来的时候觉得症状轻，越到下午越症状重，越到晚上越重，有的时候会影响他睡觉。所以多数灼口综合症的病人实际上他也都睡眠不好，睡眠不好使得他灼口综合症加重。但是他们有时候就觉得舌头疼、嘴疼影响睡觉，所以这些背后，实际上就是有一些精神相关的疾病，比如焦虑、抑郁或者是更年期。所以它主要特征就是他的主观感觉和客观检查完全不符，就是这是它最主要的疾病特征。