通常情况下，衣原体尿路感染一般潜伏期1到3周，男性通常感到尿路刺痛，瘙痒程度不等的尿痛以及灼烧感疼痛叫淋病。尿道口亦有红肿，通常有浆液性以及浆液脓性尿道分泌物。相比淋性尿道炎，分泌物稀薄而少。晨起时发现尿道口有白膜形成，而有的患者症状不明显，无任何症状，往往被误诊。而女性患者主要感染部位为子宫颈，尿道炎，症状并不明显，通常表现为急慢性宫颈炎或者宫颈糜烂，白带增多或者轻度排尿困难和尿频等一系列临床表现，未经治疗或者治疗不彻底，男性患者可并发急性附睾炎，前列腺炎以及尿道狭窄。男性同性恋患者可发生直肠炎或者咽炎等一系列典型表现情况。
衣原体尿路感染指由于衣原体感染引发的泌尿系统炎症，沙眼衣原体为非淋球菌性尿道炎最主要的致病菌，沙眼衣原体感染是性传播疾病的主要原因。衣原体尿路感染主要的发病人群为性活跃的青年人，男女比例近似，泌尿以及生殖道衣原体感染称为衣原体尿路感染，使人类致病的衣原体有三种，即生殖道沙眼衣原体和40％到45％的非淋球菌性尿道炎是由于沙眼衣原体引起，衣原体是介于细菌以及病毒间的细胞寄生物，同时血清型衣原体感染的复发，以及淋球菌合并感染有关衣原体所致的非淋球菌性的尿道炎。尿道感染主要是由于性交传播，潜伏期1到3个星期，感染特点为男性常感到尿道刺痛以及排尿微痛，可有尿急、尿频、尿道口红肿以及少量粘性分泌物溢出。