单纯性肛瘘在治疗后，出现复发的几率很少，但如果因治疗不及时，拖成复杂性肛瘘，导致出现两根或三根管，这种肛瘘就有复发的可能。其实严格地讲不叫复发，可能是因为手术中瘘管闭合，医生遗漏，因为患者复发次数太多，医生已经分不清楚哪是瘘管哪是瘢痕，遗漏势必会再出现肛瘘。如果肛瘘有一圈感染源，那么这些感染源会相继再生，从严格意义上讲这不叫复发，可以说成再生。很多病人疑惑为何术后还会复发，主要是因为以上两点原因。
肛瘘如何治疗：
肛瘘的治疗一般以手术治疗为主，也有一部分肛瘘，发作以后自愈的情况，这种情况相对比较少，大部分肛瘘可能都需要通过手术治疗，以此来达到它根治的目的。现在临床上也有一些药物治疗，包括口服一些药物，可以清热、利湿、解毒，对一些时间比较长的这些瘘管，可能在局部，可以通过一些药线药捻的局部换药处理它，也有一部分瘘管可以达到它闭合。
但是多数情况下，可能都需要通过手术的治疗来治愈。一般来讲，认为肛瘘是一个手术治疗的疾病，所以各种教材一看肛瘘的治疗原则，基本上都提到要手术治疗为主，其他的方法是它一些辅助的方法。但是肛瘘的手术，现在手术方法也很多，主要的一个就是，要正确地寻找它的管道和它的内口。
因为肛瘘都有内口，如果你找的不准确或者处理的不恰当，就会要么是这个创面不能愈合，要么就是这个瘘管会再反复发作，所以要正确地寻找和正确的处理它的内口，避免一些不好的情况发生。除了这个之外，要注意保留肛门括约肌的功能。因为这个瘘管往往都要穿过括约肌。
如果损伤括约肌过多，尤其外括肌的深部和耻骨直肠肌，也就所谓肛管直肠环这一部分，如果处理不当，会造成肛门失禁的情况，所以临床上要注意两点，一个就是正确的找到和处理它的内口，第二个要正确地保留肛门括约肌的功能。除了这个手术以外，术后处理不当，也可能造成我们治疗的失败，也造成一些假性的愈合，所以在临床上术后的换药处理也很关键。
肛瘘是从肛门中肛腺或肛隐窝处感染，感染后肛周形成包块，包块中存有脓液，随着肛门周边皮肤破溃，脓会流出，形成一条连接肛窦与肛缘外通畅完整的管道，这就是典型的肛瘘。肛瘘属于感染性疾病，一般由大肠杆菌感染引起，从而导致破溃流脓。肛瘘实际上是软组织感染，与普通软组织感染不同，肛瘘有其特殊性，即不能自愈。胳膊腿长脓包，脓液流出后可自然恢复，但肛瘘因感染源在肛门内，每天排泄会不断提供感染源，导致脓包因持续感染而不能自愈。
肛瘘分类比较专业，了解肛瘘分类前首先需要知道肛管直肠环，是指平时人们常说排便时感觉可以控制大便排出的皮筋，肛管直肠环能控制大便排出，不排时它会收紧，肛管直肠环是一块非常关键的括约肌，作用很大，肛瘘分类主要与其有关。如果瘘管超过肛直环，那么专业人士把这种肛瘘称为高位肛瘘；如果瘘管低于肛直环，那么就称其为低位肛瘘，相比较来言，低位肛瘘比高位肛瘘容易治疗。另外在高位肛瘘与低位肛瘘之间，又分为只有一根瘘管的单纯性肛瘘；如果有多个瘘管，那么形成的脓包就不止一个，如不及时治疗，便会反复感染，这种肛瘘就称其为复杂性肛瘘。高位肛瘘当中分单纯性高位肛瘘和复杂性高位肛瘘，而低位肛瘘也分成单纯性低位肛瘘和复杂性低位肛瘘。
肛瘘不会危机性命，所以也没那么严重，并不像癌症听起来那么可怕，但少数长期肛瘘会发生癌变，一般在临床上看到十年以上的老肛瘘，会发生个别癌变，所以肛瘘应该及时治疗，而且前期肛瘘治疗比较简单，如果延误治疗，可能会形成复杂性肛瘘，因为肿一次流一次脓，就会形成一根瘘管，所以专家建议肛瘘患者要及早治疗，如果恶化成复杂性高位肛瘘，治疗的损伤要比低位肛瘘更加严重，也不利于肛门术后的功能保护。肛瘘不能自愈，而且对生活质量会产生不利影响，经常肿疼，令人坐卧不宁，尤其是在劳累且身体抵抗力下降时，肛瘘容易发作，所以发现肛瘘要尽早治疗。
挂线顾名思义就是把线或者皮筋这些工具挂到想切开的位置。因为肛瘘的治疗原则是一定要敞开。敞开的方法为直接切开，就像一个管道似的拿刀给切开，自然就会长好。但是切的时候，可能会涉及到括约肌，涉及到括约肌的时候，能不能直接切，这个是很专业的问题。也不是说每个大夫都很心知肚明。所以在切的时候非常考验医生技术，如果这块肌肉不能切，切完以后可能大便就兜不住，会失禁。为了治愈肛瘘最后形成大便失禁，这肯定划不来，所以在切的时候就会用线慢性的切开，用线勒住，边切边长，这样就不会像松紧带似的直接切开，所以它就不会有一个突然断裂的过程，这样就不会影响肛门的收缩功能，这就叫做挂线，实际上就是慢性的切开。