引起结石的因素有很多，例如性别、年龄、环境、饮食等。引起肾结石的常见因素主要有：身体代谢的异常，尿路的梗阻、感染，某些药物作用等。需要特别注意的是代谢因素，代谢综合征与肾结石的形成密切相关，高尿酸血症容易形成肾结石。
肾结石的病人，医生要根据肾结石状况选择是否进行经皮肾镜碎石。如果石头较小或单发，位置比较好，一般会选择做体外碎石。如果体外碎石时发现石头很大，或多发，体外碎石的次数很多，对肾脏损伤太大。这时医生会建议患者做进一步治疗，进一步治疗创伤更小一些。例如输尿管的硬镜，或输尿管软镜碎石。如果这种方法处理不干净，或肾结石很多，或其他因素导致无法做，可以选择做体外经皮肾镜碎石。所以这是一个选择的逐步过程，先选择体外碎石，效果差时可以做输尿管的软镜或硬镜碎石，最后再选择经皮肾镜碎石。
肾结石发生，疼痛缓解后，建议患者及早的选择一些治疗方式。例如体外碎石或者输尿管镜碎石，或经皮肾镜碎石。如果不碎石，结石短时间内不会出现影响，如果小石头，可能往下掉，掉到输尿管里面卡住，形成输尿管结石。掉到膀胱形成膀胱结石，卡在尿道形成尿道结石。如果卡在输尿管，输尿管会绞痛，膀胱结石会影响排尿，排尿到一半突然卡住，尿不出来。如果肾结石不处理，长期泡在尿液当中，时间越长形成的结晶或结石越大。如果结石较小，可以做体外碎石，结石较大需有创治疗。如果太大，需经皮肾镜碎石。
肾结石的治疗是不能够通过多饮水痊愈的，需要根据结石的大小及阻塞部位综合考虑。多喝水可以稀释尿液，防止结石的形成，并且能延缓结石变大的速度，因此对肾结石的预防有着非常重要的意义。同时，大量饮水也使得小结石的下移排出过程更为顺利。对于0.3厘米以下的小结石，靠着多喝水，还有跑步、跳绳等运动是可以通过泌尿系统排出体外的。当结石直径超过0.8厘米时，结石基本上不可以通过输尿管和尿道自行排出。大结石再向下移动的过程中，常常会卡在狭窄处，造成梗阻。这种情况下过度饮水反而会对泌尿系统造成较大的压力，甚至引起肾结积水。此外，有先天性输尿管狭窄和尿路梗阻的人，尤其不能采用喝水排石的方法。如果这些肾结石患者盲目多喝水，只会加剧肾结石的程度恶化病情，增加治疗的难度。所以当结石超过了一定的大小，或者合并有输尿管狭窄和尿路梗阻时，应及时就医，确定科学的治疗方案。
肾结石的患者补充钙，对于这个肾结石影响并不大。其实钙是一个相对的问题，不是一个绝对的问题。虽然大部分结石都是涵盖的，但是看这个钙是不是跟草酸结合在一起，如果草酸吸收也多了，钙吸收也多了，那形成草酸钙就非常容易了。草酸是不溶解于水的，那就容易造成结石。食物当中含钙的剂量相对来说是比较少的，但是它可能和我们体内的草酸相互结合，减少了人体对于草酸的吸收，从而降低了结石的发病率。所以说在某种程度上面，补钙，还是可以降低肾结石的发病率的。这一点是有科学依据和相关研究发现的。
肾结石能喝牛奶，但是不要多喝。不喝高钙奶。最好是喝脱脂的牛奶，不要在临睡前喝牛奶。人在睡眠之后尿量减少，尿中各种有形物质增加，可使尿液变浓。由于牛奶中含钙是比较多的，肾结石中大部分都含有钙盐。结石形成的最危险因素是钙在尿中浓度短时间，突然的增高增多。喝牛奶后2到3个小时，正是钙通过肾脏排除的高峰时间。然而在这个时候，如果说我们是处于一个睡眠的状态，尿液浓缩，钙通过肾脏比较多，而我们排出的尿又比较少，是最容易形成肾结石的。