疼痛是子宫内膜异位症的主要临床表现。典型的症状是继发性的痛经，进行性的加重。另一个症状是不孕，内异症的患者不孕率达到40%；还有性交疼痛，即性生活时，出现下腹部的疼痛；月经的异常，主要表现为月经过多， 经期延长。
子宫内膜异位症的主要危害是痛经，不孕以及腹部包块。痛经是进行性加重，随着病情的延长，痛经逐渐加重，另一个危害是不孕症，由于内异症引起黏连，排卵受到影响，内环境的改变会产生免疫性不孕，输卵管堵塞会导致受精卵不能进入到子宫腔内，会出现不孕症。
子宫内膜异位症与一些遗传因素有关，有遗传倾向的人群发病率会高7到8倍。平时来月经的时候应当避免剧烈活动或者经期同房。这种容易造成经血逆流。还有一些与免疫因素有关。子宫内膜异位症需要通过B超以及妇科查体进行确诊。
子宫内膜异位症B超能否查出，与异位的部位以及体积有关。如果子宫内膜只异位到膀胱上、肠道上、输尿管上的小小的异位灶，B超是发现不了的，需要根据症状及查体确诊。如果异位到子宫肌层，是通过B超可以确诊的。
子宫内膜异位症的治疗，就像糖尿病一样，是一个慢性疾病，一直管理到绝经期，所以在女性的一生中，如果得了子宫内膜异位症，在临床上就要终身的随访，一直随访到病人的绝经年龄。它的治疗方式有很多，比如说早期如果是病人主要表现为痛经，卵巢的囊肿也不大，可以考虑药物治疗，包括中医的活血化瘀能缓解痛经也是可以的；如果囊肿持续存在，而且肿瘤标记物也升高，病人痛经越来越严重，可以考虑用腹腔镜的方式来治疗子宫内膜的异位症，既然是一个慢病，子宫内膜异位症术后一定要跟上治疗，包括术后的GnRH的治疗，包括术后的避孕药治疗，应用起来都是有手术指征，一直要管理到绝经期，这个病才会好，而且要长期的管理
子宫内膜异位症是可以怀孕的，但大多数影响怀孕。不孕的原因主要有两个，一是盆腔、输卵管的结构发生改变，影响精子卵子的结合，从而影响受精和着床的过程，出现不孕。另一个是影响盆腔内的内在环境发生改变，也影响了怀孕，这是子宫内膜异位症导致不孕的主要原因。