先天性食道闭锁的并发症非常多，术后短期内出现的并发症主要是吻合口瘘，在处理起来也是最棘手的；中长期术后的并发症主要是吻合口的狭窄，处理起来也比较麻烦，因为它的特点是病程长、治疗效果不明显，会有术后遗留的问题，给孩子造成的危害较大，如不能正常的生长发育、营养状况明显较同龄孩子滞后，同时术后还可能合并有气胸、液胸、脓胸、脓气胸、血胸以及胸腔感染、纵隔感染等，而这些并发症出现后，治疗上都有一定的难度。
新生儿食道闭锁不能吃东西，一旦疾病明确诊断，所在的医院不管是地方医院、中级医院或者是专业的儿童医院，都有足够的条件通过静脉开放静脉营养的方式，满足孩子的正常生理需要，达到治疗目的。所以，新生儿不能吃东西没有关系，短时间内不会影响到孩子的生存，也不会有任何危险。
先天性食道闭锁的术后护理相对比较专业，因为绝大多数情况术后病人都要在专业的重症监护病房进行特殊的治疗，对于家属可能需要做的事情较少。专业角度分析，患者要保持呼吸道的通畅，要保持营养液量补充的合理，要进行全身的抗炎，如果有胸腔引流还要保持引流管的通畅，同时还要进行胃肠外营养的合理安排。
先天性食道闭锁术后的恢复时间主要根据孩子手术前病情的评估、手术进行的情况和术后恢复的情况来综合判断。总体分析如果手术顺利，术后没有特殊情况发生，大约术后十天左右基本能够恢复；情况较差者如出现气管食管瘘的复发、吻合口的瘘，恢复的时间可能相对较长，需要两个月左右甚至更长的时间。
妇科手术后肠胀气。