先天性食道闭锁的术前准备大致有以下几方面，由于疾病对手术时间的要求不是特别的严格，所以患者不一定需要在第一时间尽早手术，因此在手术前患者有相对比较充分的时间进行术前准备。患者应调整双肺的情况，因为本病很多情况都合并有肺炎、双肺肺炎，患者要把肺的情况适当调整好，要把痰、口腔的分泌物彻底充分地进行吸除；同时还应对其他身体内的综合状况进行调整，尤其是新生儿在出生一星期之内的脱水状况，要及时进行补充和适当改善水电解质、营养状况；此外，手术前还要排除其他脏器和器官系统合并其他畸形的可能。手术前的准备工作大致如此。
近几年医疗水平有很大的发展，尤其是在产前B超这方面进步非常明显。据了解，部分基层医院或者是中级的专业妇产医院，甚至更好的医院，都能够通过产前B超的技术，在产前24周，最迟在产前32周左右，能明确地诊断出先天性食道闭锁，而且准确率比较高。