新生儿食道闭锁不能吃东西，一旦疾病明确诊断，所在的医院不管是地方医院、中级医院或者是专业的儿童医院，都有足够的条件通过静脉开放静脉营养的方式，满足孩子的正常生理需要，达到治疗目的。所以，新生儿不能吃东西没有关系，短时间内不会影响到孩子的生存，也不会有任何危险。
先天性食道闭锁的并发症非常多，术后短期内出现的并发症主要是吻合口瘘，在处理起来也是最棘手的；中长期术后的并发症主要是吻合口的狭窄，处理起来也比较麻烦，因为它的特点是病程长、治疗效果不明显，会有术后遗留的问题，给孩子造成的危害较大，如不能正常的生长发育、营养状况明显较同龄孩子滞后，同时术后还可能合并有气胸、液胸、脓胸、脓气胸、血胸以及胸腔感染、纵隔感染等，而这些并发症出现后，治疗上都有一定的难度。