先天性食道闭锁的症状大体上有以下几方面，先天性食管最早表现出来的症状是不能正常喂养，孩子出生后或者在医院的婴儿室，父母都会试图给孩子喂水、奶，但是发现不能正常进行，孩子会出现明显的呛咳，同时有大量的泡沫样的分泌物经口鼻涌出。而且随着喂养的进程症状会逐渐加重，严重的情况下随着唾液或口腔分泌物会反流进气管，导致婴儿窒息，发生非常严重的后果。
近几年医疗水平有很大的发展，尤其是在产前B超这方面进步非常明显。据了解，部分基层医院或者是中级的专业妇产医院，甚至更好的医院，都能够通过产前B超的技术，在产前24周，最迟在产前32周左右，能明确地诊断出先天性食道闭锁，而且准确率比较高。
先天性食道闭锁的分类和类型，目前在国际上公认是五类，根据气管和食管、气管瘘和食管之间的关系，大体分为五类。最常见的是第Ⅲ型，Ⅲ型又细分成两型，比较多见的是ⅢB类，大概占全部先天性食管闭锁的95％左右，其它的类型相对比较少见；最少见的类型是Ⅰ型食道闭锁，发病率最低，治疗也最困难。
先天性食道闭锁的并发症非常多，术后短期内出现的并发症主要是吻合口瘘，在处理起来也是最棘手的；中长期术后的并发症主要是吻合口的狭窄，处理起来也比较麻烦，因为它的特点是病程长、治疗效果不明显，会有术后遗留的问题，给孩子造成的危害较大，如不能正常的生长发育、营养状况明显较同龄孩子滞后，同时术后还可能合并有气胸、液胸、脓胸、脓气胸、血胸以及胸腔感染、纵隔感染等，而这些并发症出现后，治疗上都有一定的难度。