良性胃肠道间质瘤在腹腔镜下微创手术以后，术后没有什么特殊处理。如果是恶性胃肠道间质瘤，需要做根治性的手术，如果有淋巴结或者是脏器转移，或者是不能做手术，可以采用格列卫等药物遵照医嘱，按照疗程进行化疗，定期复查。
胃间质瘤的病因与遗传有关系，患者家属中胃间质瘤发病率高于一般人，这些人可能是由于生活环境与饮食习惯相似，增加了胃间质瘤的发病机会。还可能和胚胎时期胃肠道的发育异常以及一些信号通路的异常有关系，比如生长因子的受体增多，细胞凋亡下降。
胃肠道间质瘤没有什么明确的预防的办法，要保持一个良好的生活饮食习惯，不要过多的吃咸而辣的食物，不吃过热，过冷，过期及变质的食物，年老体弱或有某种疾病遗传基因者，酌情吃一些防癌食品和含碱量高的碱性食品，戒烟限酒，保持良好的精神状态。