良性的胃肠道间质瘤通过手术切除，可以彻底治愈。恶性的间质瘤需要结合它的恶性程度，肿瘤分期，个人体质，有没有淋巴结转移，有没有脏器转移，手术能否彻底切除以及术后对于格列卫等化疗药物的反应情况，来确定预后的情况。
良性胃肠道间质瘤在腹腔镜下微创手术以后，术后没有什么特殊处理。如果是恶性胃肠道间质瘤，需要做根治性的手术，如果有淋巴结或者是脏器转移，或者是不能做手术，可以采用格列卫等药物遵照医嘱，按照疗程进行化疗，定期复查。