胃肠道间质瘤的治疗取决于肿瘤分期和大小，如果是比较小的惰性的间质瘤，可以不予处理。如果有症状，而且是良性的间质瘤，可以采取手术治疗，就能达到治愈的效果。如果是恶性的间质瘤，需要做一个根治性的手术或者是配合药物化疗。
胃间质瘤通常被认为是潜在恶性的肿瘤，即有恶性的可能。实际上胃间质瘤就是恶性肿瘤，它在小的时候，转移的几率比较小，但长到一定程度之后，转移的概率会变高。从它的生物学行为来讲，胃间质瘤就是恶性肿瘤，它的严重程度取决于几个方面：第一、取决于肿瘤的大小；第二、取决于它的肿瘤的生物学行为，包括核分裂象这些指标。如果发现的早，分期早，瘤就能治愈，恶性程度就低；如果发现的晚，有广泛的腹腔转移或者肝转移了，那治疗效果就很差了，属于晚期疾病，实际上就是胃间质瘤。
胃肠道间质瘤的症状依赖于肿瘤的大小和位置，小于5mm以下的肿瘤，基本上没有什么症状，长得比较大的肿瘤，可能会出现消化道梗阻的症状。胃肠道出血是最常见的症状，而在食管，吞咽困难的症状往往也常见，部分病人可以因肠穿孔就诊。
胃肠道间质瘤没有什么明确的预防的办法，要保持一个良好的生活饮食习惯，不要过多的吃咸而辣的食物，不吃过热，过冷，过期及变质的食物，年老体弱或有某种疾病遗传基因者，酌情吃一些防癌食品和含碱量高的碱性食品，戒烟限酒，保持良好的精神状态。