胃肠道间质瘤的症状依赖于肿瘤的大小和位置，小于5mm以下的肿瘤，基本上没有什么症状，长得比较大的肿瘤，可能会出现消化道梗阻的症状。胃肠道出血是最常见的症状，而在食管，吞咽困难的症状往往也常见，部分病人可以因肠穿孔就诊。
消化管道里面的间质细胞如果发生恶性增生或者是发生了一个良性的不断的不能控制的增生，都叫做间质瘤，越大恶性度可能就越高。60%~70%的胃肠道间质瘤发生于胃，由于症状不明显，又缺乏特异性，往往难以早期发现，强调早期诊断来定期的复查。
胃肠道间质瘤的治疗取决于肿瘤分期和大小，如果是比较小的惰性的间质瘤，可以不予处理。如果有症状，而且是良性的间质瘤，可以采取手术治疗，就能达到治愈的效果。如果是恶性的间质瘤，需要做一个根治性的手术或者是配合药物化疗。