胃间质瘤的病因与遗传有关系，患者家属中胃间质瘤发病率高于一般人，这些人可能是由于生活环境与饮食习惯相似，增加了胃间质瘤的发病机会。还可能和胚胎时期胃肠道的发育异常以及一些信号通路的异常有关系，比如生长因子的受体增多，细胞凋亡下降。