在临床当中进行肝癌分类有很多的分法，可以根据大小分为小肝癌、中肝癌、大肝癌甚至是巨大的肝癌；还有一种是根据病理进行分类，从形态上把肝癌分为结节性肝癌、弥漫性肝癌还有巨块型的肝癌。所以，结节性的肝癌是肝癌的一种病理学的分类。
患者切下来标本要做免疫组化，ck,hepa1,aafp,ki67,cd34,ck7,cea是免疫组化的标记物。一般切下来的病理要通过显微镜观察细胞的形态是良性还是恶性，恶性的细胞核会出现异常，例如核质的密度增高，还有双核或者多核等异型性细胞核。还要再进一步观察肿瘤来源，CK是角蛋白，CK高提示是上皮来源；CK7是细胞角蛋白中间的一种，甲胎蛋白是肝细胞来源；CD34高提示是血管来源；ki67是肿瘤的生长指数，ki67如果很高就提示肿瘤的生长非常活跃，即肿瘤的恶性度相对较高；cea是指癌胚抗原，它实际上是来源于腺癌，比方说消化道肿瘤、肠癌、胃癌，这些肿瘤可能性更高一些。
胸腔积水是老百姓的称法，医学上称为胸腔积液。肝癌晚期出现胸腔积液，要找它的原因，一种原因是由于肿瘤的消耗，引起白蛋白降低，此时可以给患者输白蛋白、输血浆，提高胶体渗透压，另外给予保肝利尿的措施，减少胸腔积液。如果肝癌的患者白蛋白不低，有可能是由于肿瘤破坏生长导致癌性胸水，这种情况可以采取胸腔穿刺引流的办法，减轻患者呼吸困难等症状。
肝癌通过血行转移是肝癌转移的一个特点。肝癌晚期会出现门静脉的癌栓，癌栓以离心的方式，以门静脉为支架向门静脉主干生长，往往会长到肠系膜上静脉，一般对门静脉有特殊的倾向性，很少侵犯脾静脉。患者出现了门静脉的癌栓，如果患者综合条件良好，能够手术切除则尽量采取手术切除，通过门静脉把癌栓取出来，同时给患者门静脉里留置化疗泵，然后通过化疗泵术后采取化疗，采取这种综合治疗的方式，能够使患者达到长期生存的目的，在临床当中，相当多患者通过这些综合治疗的措施，取得非常满意的治疗效果。如果患者不适合手术切除，可以采取门静脉癌栓部位的放疗，也能够有比较满意的效果。
小肝癌通常指肝癌的早期，在肝癌的早期，患者往往没有任何不适的症状，这也是临床当中很多肝癌的患者到了晚期才临床就诊的一个重要的原因。因为肝脏是哑巴器官，它没有神经，只有当肿瘤长到一定的程度，如肿瘤大于五厘米，引起肝脏被膜的紧张后，才会引起疼痛等症状。
甲胎蛋白是由胎儿的肝细胞和卵黄囊合成的一种蛋白。它往往在原发性肝癌还有其他的恶性肿瘤，如肠癌、胃癌、胰腺癌等恶性肿瘤中会明显的增高。在临床当中常常把甲胎蛋白作为原发性肝癌检测的一种指标或者把它用于判断原发性肝癌治疗效果好坏的一种指标。甲胎蛋白偏高还可以见于一些良性的疾病，如活动性肝炎、肝硬化，正常妇女妊娠甲胎蛋白也会增高。所以，甲胎蛋白偏高不一定会出现症状，如果出现了症状一般患者都是原发性疾病的症状，例如甲胎蛋白增高是由原发性肝癌引起，则患者表现的是肝癌的症状。