卵巢囊肿没有特效的药物来进行治疗，首先生理性的卵巢囊肿，因为它可以自然消失，不需要药物治疗，但对于一些病理性的卵巢囊肿，要根据它的类型来选择用药，比如卵巢巧克力囊肿也是常见的一种卵巢囊肿类型，它有好多药物可以治疗，比如一些激素类的药物，还有调节月经周期的药物可以选择使用。但哪个药物最好没有固定的答案，要根据病人的身体状况、年龄、有没有生育要求来选择适合她的治疗药物。
卵巢囊肿在妇科疾病中是比较常见的一种，一般是分为病理性囊肿和生理性囊肿这两种的，这种疾病会出现在每个年龄段，一旦患上此病，患者最关心的就是治疗方法，患者都希望能够通过服用药物来达到治疗的效果。那么，卵巢囊肿用什么药最好？
根据个人体质和致病原因的不同，医生会选择多种药物来活血化瘀，散去体内淤积的患处。但是如果肿瘤的性质值得怀疑，或者是生长的位置不太好，引起严重的功能性障碍例如不孕不育，那就不是吃药那么简单了，医生会建议做更深一层的治疗，这个时候需要积极地配合医生。
临床上发现卵巢囊肿的症状主要有月经经血过多、小腹坠胀、不孕不育，那么中医就要采取活血化瘀、行气活血的方法进行对症下药。基本上是在此方的基础上进行加减：海藻15g、白芥子12g、薏苡仁20g、夏枯草12g、三棱10g、莪术10g、南星6g、赤芍6g、桃仁10g、甘草6g。
其中海藻、夏枯草、白芥子能化痰消肿、软坚散结，三棱、莪术、桃仁、赤芍会起到理气行血、活血化瘀的功效，而南星、薏苡仁能明显化湿祛痰，这些药物共同作用，能够达到化痰湿、通气血、消囊肿的功效。
此外，药物无法医治时需要通过手术来进行治疗，治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的体积，部位，生长速度，是否保留生育功能等因素而定。
怎么判断是生理性囊肿：
一个生育年龄的妇女，每个月都会有排卵，生理性的囊肿，排卵以后卵泡就塌陷了，塌陷以后再做检查的时候，它就会消失，那么怎么判断它是生理性囊肿呢？首先，我在这个月看到了卵巢长了个囊肿，直径两三公分或者是三四公分， B超能看到卵巢囊肿，周边还会有些血流信号。
那么，再隔两三个月以后再去复查，如果这个囊肿消失了，那么这个时候生理性囊肿的可能性就非常大，如果说这个囊肿还存在，那么在这个时候你就应该考虑它是不是还是一个生理性的囊肿，除了卵巢囊肿的直径以外，还要看卵巢的囊内液，如果囊内液很清亮，那么它的生理性囊肿的可能性也比较大，如果说囊肿的周边血流信号很少，或者是没有，这个时候它生理性囊肿的可能性也比较大。
什么是卵巢囊肿：
所谓的囊肿，顾名思义就是有一个囊，囊内存在的一些物质，多半情况下是液体，所以我们管它叫囊肿。卵巢囊肿，绝大部分都是良性的，但是，也有将近百分之20左右，10到20左右是恶性的，卵巢囊肿根据它的囊内的囊壁的性质，可以分为几十种，比如说浆液性囊腺瘤，粘液性囊腺瘤，子宫内膜异位囊肿等等，那么每一种囊腺瘤，它又可以分为良性的，交界性的和恶性的，卵巢囊肿是一个统称，只要卵巢上长了有一个含有液体的这么一个肿物，我们都叫它卵巢囊肿，但是卵巢囊肿的具体的类型。
还要根据临床的进一步的检查才能明确诊断，卵巢囊肿绝大部分都是良性的，但是极少部分有可能是恶性的，所以一旦长了囊肿，我们还是应该积极的就医，进一步的检查。
卵巢囊肿怎么来的：
卵巢每个月排一个卵，形成的卵泡，这属于生理性的，那么卵巢的巧克力囊肿，绝大部分是卵巢的子宫内膜异位囊肿，而是卵巢的子宫内膜异位到了卵巢上，不断的出血，造成囊肿，那么还有相当一大部分原因不清楚，那就是病理性的，为什么会出现这种囊肿，病因不清楚，可能跟遗传有关，也可能跟环境因素有关，但是卵巢囊肿有绝大部分都是良性的。
只有极少部分是恶性的，那么当它出现了以后，我们只能去处理它，去进一步的检查。定期的进行妇科的检查，至少每年要做一次B超看一看卵巢上有没有长出囊肿来，如果长出了囊肿，我们应该再做进一步的检查，来明确诊断，到底是什么性质的囊肿。
如何判断卵巢囊肿是良性还是恶性：
在临床上，如果想要判断卵巢囊肿是良性还是恶性，最主要的诊断方法就是把囊肿拨下来送病理，去做化验。病理切片的诊断治疗和一部分的辅助检查，也是卵巢囊肿良恶性主要的判断方法。
对于大多数女性的卵巢囊肿，相对来说，良性卵巢囊肿的几率还是比恶性卵巢囊肿的几率要大得多。在临床上，如果一兜水样的囊肿里边，也就是超声提示没有回声，一般患者出现这种情况的时候，良性囊肿的可能性就会变得更大；恶性囊肿的提示一般是囊实性，也就是里边有实性成分，有特殊的血流信号，尤其是低阻的血流信号。如果患者出现这种情况，那在手术中，可能会送冰冻。但是石蜡切片才是最终判断卵巢囊肿是良性还是恶性的可靠方法。
卵巢囊肿和多囊卵巢一样吗：
卵巢囊肿和多囊卵巢是不一样的两种疾病，不要将二者相混淆。
卵巢囊肿这种疾病是属于女性卵巢的一个良性肿瘤，而多囊卵巢是女性的性腺轴出现了一系列的问题，也就是女性的下丘脑、垂体、卵巢轴出现了内分泌失调，从而造成的继发性改变。
女性卵巢的多囊改变区别于囊肿，此疾病是属于女性性激素的比例失调。所以针对于多囊卵巢的处理，跟卵巢囊肿会不一样。患有多囊卵巢综合征的患者，会出现月经的稀发、肥胖等症状。另外，多囊卵巢综合征患者的症状也包括病人不排卵等很多其他问题。除此之外，女性朋友患上多囊卵巢之后，可以对患者进行内分泌治疗；而患上卵巢囊肿的女性，则需要通过手术的方法，来对卵巢囊肿进行治疗。