乙型肝炎和丙型肝炎都可以引起肾脏疾病。乙型肝炎可以引起膜性肾小球肾炎、结节性多动脉炎、小管间质性肾炎。丙型肝炎可以引起膜性增生性肾小球肾炎、冷球蛋白血症和糖尿病。病毒性肝炎也可以影响到肾病患者的预后。例如：肝硬化、肝细胞癌、肾移植后的肝炎发作和胆汁淤积性肝炎等都可以加重原有的肾脏疾病。
伴有肾病的乙型肝炎和丙型肝炎在治疗的管理上有其特殊性。这些患者肾脏的耐受性差，药物可能更容易损伤到肾脏，治疗药物的剂量可能需要调整，药物的疗效可能降低，有些药物(如干扰素)在肾移植术后的患者中不能使用等。
抗乙型肝炎病毒药物中，阿德福韦和替诺福韦有剂量依赖的肾毒性，可以引起肾小管功能障碍。因此，在治疗期间监测血清肌酐和血磷是非常重要的。阿德福韦引起的肾损害是可逆的。减少剂量后76.47%的患者肾功能改善，停用阿德福韦后100%的患者肾功能改善。
在亚洲，10%以上的终末期肾病患者感染乙型肝炎。这些患者有较高的乙型肝炎再活动和突然加重的风险。拉米夫定可明显减少这些患者乙型肝炎再活动和加重的风险。
在慢性肾病患者中，由于医院内感染，丙型肝炎抗体阳性率在3%～80%不等。由于不能使用干扰素，合并肾病的丙型肝炎患者治疗是困难的。因此，丙型肝炎感染的肾移植患者存活率比未感染的患者明显降低。
虽然丙肝病毒和艾滋病病毒都是通过血液、性途径或者垂直传播，但这两个病毒不是必然联系在一起的，流行病学检查容易把这两个病毒联系起来是因为它们有相同的传播途径，但是并不是说有了丙肝就一定有艾滋，或者有了艾滋就一定有丙肝，这个说法是不对的。艾滋病感染的人群可能容易合并感染丙肝病毒，叫共同感染，主要原因是这两个病毒的传播途径一样，而且在性途径和血液途径传播的时候，这两个病毒往往在一个个体内出现，这种情况比较多见，但并是说这两个病毒必须在一起，在治疗上也是这样，对于艾滋病的感染者要筛查他有没有丙肝病毒，对于丙肝病毒感染者也要筛查他有没有同时合并艾滋病病毒的感染，如果这两个病毒是联合到一起感染，在治疗上要根据患者的具体情况进行抗病毒治疗，目前两个病毒重叠感染常规是先治疗丙肝病毒，短期内把丙肝病毒消灭掉之后再针对HIV病毒进行治疗。
目前已经有了治疗丙型肝炎的口服直接抗病毒药物，所以现阶段对丙型肝炎的治疗只需要口服药物，吃药三个月就可痊愈。现在在国内上市的药物包括索磷布韦、索磷布韦维帕他韦片，以及达拉他韦。这些药物几乎没有任何副作用，只需要口服，然后进行定期的监测评估疗效就足够。一般来说，对于明确诊断丙型肝炎的患者，首先应该进行基因型的检测，对不同的基因型选择不同的药物。在吃药两个星期左右，进行丙肝病毒定量检查，评估疗效，从而预测将来停药后会不会复发。如果治疗两周之后，病毒定量极低，甚至测不到，治疗三个月之后停药非常安全。在治疗三个月停药的时候再进行一次监测，这时候就可以告诉病人是否治愈。如果治疗三个月停药的时候，HCV-RNA，也就是丙肝病毒定量已经是阴性，测不到的状态。那么停药就是成功的。最后医生还会在停药后的第三个月，给病人进行再次的病毒定量检测。如果停药三个月后，病毒定量依然保持阴性状态，那么病人就达到了根治，将来再也不会复发。所以对于丙肝病人，治疗就是三个月的时间，非常的简单。但是对于已经进展到肝硬化的丙型肝炎病人，虽然经过三个月的治疗，能够让丙肝病毒彻底的被清除，但肝硬化不可逆转。患者在将来还是应该每半年进行定期的复查，来监测肝硬化并发症的情况，监测是否有肝癌的发生。所以对于丙型肝炎，现在虽然有了根治性的药物，但是只有在肝炎阶段被根治才是真正的根治。如果到了肝硬化阶段，即使把病毒彻底根治清除，仍然需要长期的随访防止肝硬化并发症的出现，防止肝癌的发生。
丙肝跟乙肝病毒实际上是一类病毒，有四种传播方式，第一种方式是母婴垂直传播，患有丙肝的母亲可能会把丙肝病毒传染给她的孩子，这个过程主要通过产道感染，真正的宫内感染出现的几率比较低。第二种传播方式是血液传播，这是国内最常见的一种传播方式，现有的很多丙肝患者都是在60年代70年代初通过大量输血传染的丙型肝炎病毒。第三种传播方式是性传播。第四种传播方式是医源性传播，包括吸毒者共用针头导致的有创性的传播方式。日常接触不会传播丙肝。
丙肝窗口期是指患者感染了丙肝病毒之后的一段时间，体内有丙肝病毒存在但无法检出丙肝病毒的抗体，在这个过程中医生不能确诊患者是否感染了丙肝。一般在做丙肝筛查时先筛查丙肝抗体，有了丙肝抗体以后才去筛查丙肝的RNA，而不会直接筛查丙肝的RNA。窗口期的存在就提示我们，有一些病人如果有血液传播或医源性传播，包括共用针头的吸毒史，一定要小心这类人群可能存在丙肝抗体阴性但有丙肝感染的可能。
丙型肝炎患者更多的是把他当成肝炎患者来看待，要求平时生活休息规律，尽量减少过度劳累，饮食上注意少量多餐、清淡温软，不能饮酒，多吃绿叶型的蔬菜，包括富含花青素、黄酮总甙的蔬菜和水果，少吃过度油腻的食物，如烧烤、动物内脏等。还要注意定期到医院检查，如果没有进展，也就没有太大的问题，一旦出现丙肝的进展，一定要进一步的检查并及时给予治疗。现在随着小分子药物的问世，一旦发现丙肝抗体阳性，就会马上筛查丙肝的RNA定量，在明确有RNA定量的情况下，一般建议患者尽快吃小分子抗病毒药物，进而完全清除掉体内的丙肝病毒，在完全清除掉丙肝病毒之后，要对肝脏进行严格的评测，如果肝脏的功能与正常人基本相同，就可以同正常人一样饮食、生活休息，不需要太多的注意。