低位肛瘘的治疗：
低位肛瘘的治疗，有如下几个方面：
第一，药物治疗。药物治疗适用于发作期带有流脓、红肿、疼痛的症状者，或者暂时不适合手术者，可以采取药物治疗的方法来暂时缓解症状。采用外用的中药洗剂坐浴，如：马应龙金玄痔科熏心散，外涂药膏，如：金黄膏，同时使用抗生素对急性期发作有一定的帮助，使用时间一般不超过1周。
第二，手术治疗。手术的目的是要将肛瘘的瘘管切开，让肛瘘的瘘管引流通畅，让伤口逐渐愈合。手术中的观念是正确的找到内口，然后将内口切开或切除，常用的方法是使用探针引导下进行息肉的切除。
什么是肛瘘：
肛瘘是指肛周脓肿破溃或切开后，造成肛周的感染或后遗的疾病。典型的肛瘘由外口，瘘管和内口组成。
外口在肛门边上，外边可视。外口的数量有一个到多个不等；瘘管的数目和形状不一样，有的瘘管是一个管，有的瘘管是弯曲的管，而且有些肛瘘分叉，不仅有主管，还有支管，甚至更复杂，如可形成马蹄形、螺旋形等；
内口的数量，位置也各不同，一个或多个，位置高或低。如内口在肛隐窝，化脓性肛瘘，位置不高。但是如果内口是因外伤或肠道炎性疾病造成，如不小心吃了鸡骨头、鱼刺等，扎到肠壁上引起感染，内口位置可较高。
肛瘘的治疗：
肛瘘虽可口服清热、利湿、解毒的药物及通过药线的局部换药处理来达到闭合，但这种情况较少，大部分肛瘘需通过手术来根治。肛瘘手术需注意：
第一、要正确寻找和处理管道、内口，否则会造成创面不愈合或瘘管反复发作。
第二、要注意保留肛门括约肌的功能，如果破坏括约肌，损坏肛管直肠环，可能会造成肛门失禁。
第三、注意术后换药处理，处理不当会造成假性愈合。所以，通常认为肛瘘是需要手术治疗的疾病，各种教材均提到以手术治疗为主，其他治疗为辅。
肛瘘术后护理：
肛瘘的术后护理不当会造成创面不愈合、假愈合、肛瘘反复发作等。所以，术后护理需注意：
第一、术后每天观察创面有无肿痛，疼痛，瘙痒等；
第二、创面肉芽，局部有无红肿，是否遗留支管等；
第三、注意分泌物情况，及时擦洗分泌物，可有少量组织液渗出，术后早期可有少量渗血，但如创面长时间浮肿、肿胀，需寻找原因；
第四、如发现假性愈合，要及时挑开；
第五、有的管道深，易遗留异物，如药膏，要全部去除，否则会造成后期创面不愈合。所以，肛瘘术后护理十分重要，要勤观察，细观察。
肛瘘和痔疮属于截然不同的两种疾病。痔疮属于血管性疾病，主要以静脉曲张为主，而肛瘘是感染性疾病，主要是大肠杆菌引起的软组织感染，先形成脓包，之后肛周脓肿，然后慢慢破溃流脓形成肛瘘。肛瘘和痔疮症状也不同，痔疮的症状主要以便血脱出为主，偶尔伴有疼痛，而肛瘘主要以肿块流脓为主，因分泌物太多引起肛周皮肤病变，会伴有瘙痒。肛瘘包块较硬，而痔疮较软，且肛瘘肿胀时会出现疼痛，但痔疮不发作无疼痛感。肛瘘流血主要是破溃眼出血，痔疮出血为喷射状，情况完全不同。
肛瘘的症状主要是反复肿痛、溃破、流脓，局部瘙痒，由于在肛内的齿状线上的肛窦感染，不断有污染物进入到瘘管，瘘管反复感染、积蓄，导致反复发作肿痛、破溃、流脓流血。脓血刺激，引起肛门周围皮肤出现瘙痒，肛瘘病程很长，几年甚至十几年，不通过手术无法治愈。