全飞秒手术作为全世界最为先进的屈光手术之一，优势是降低手术的风险和后遗症的发生。但作为手术，任何手术都会有其风险和后遗症，全飞秒手术当然也不例外。全飞秒手术的后遗症目前主要有以下几个方面。矫正不足或者矫正过度。矫正不足和矫正过度即手术后仍然残留有近视或超过预期的矫正度数变成远视，是最常见的。另外手术后可能会出现畏光，在手术后的3到6个月对光线的敏感度增加，但大多数在6个月之后会逐渐的消失。会出现角膜的感染，一旦出现角膜的感染，可以给予及时的抗生素滴眼液点眼睛。但是角膜感染后有可能会形成角膜的疤痕。会出现眼睛干涩的情况，形成干眼症。对于干眼症，一般补充人工泪液。可以造成夜视力的下降，这种情况非常少见，但也可能发生。