卵巢囊肿一旦发生破裂，要采取个体化治疗。如果恶性肿瘤发生了破裂，要尽快手术。对于良性的卵巢囊肿发生了破裂，要根据破裂口大小、女性的临床症状来决定保守治疗还是手术治疗。最常见的是月经后半期发生卵巢黄体破裂，卵巢囊肿破裂口较小，可采取保守治疗。
卵巢囊肿术后饮食与普通术后相同，饮食要易消化，相对清淡一点营养成分高一点，切忌大鱼大肉，适当增加运动，因为女性卵巢较脆弱，术后营养好，恢复会更快；对于巧克力囊肿患者，少吃激素含量较高的食物，如：快餐、豆浆等。
若在卵巢囊肿腹腔镜术中，对输卵管的伤害比较小缝合较严密，术后粘连的可能性很小，输卵管未受影响，则术后可继续受孕；可若在术中，缝合不严谨留下较大的创面，可导致输卵管粘连而后引起积水，输卵管的活动较差，可能影响受孕情况。
卵巢囊肿根据大小来判断是否需要治疗，小的囊肿且确定是良性或者短期内有随访的条件，不需要积极的治疗；通过影像学的检查没有办法鉴定出性质的卵巢囊肿，需要早一点进行干预性治疗，要取病理来判定它的性质。所以卵巢囊肿的大小是决定是否需要治疗的一个参考指标，最重要的是看卵巢囊肿的生长速度。还有一些提示卵巢囊肿性质的倾向性指标，比如肿瘤标记物是否升高，超声影像学提示有恶性的可能，这时候不论大小都需要积极的进行治疗。
腹腔镜手术的覆盖率非常高，绝大多数卵巢、子宫的良性疾病都可以经过腹腔镜操作，尤其是对卵巢囊肿这种良性率90％以上的囊肿，都可以做腹腔镜手术。腹腔镜手术的优点是微创、美观、恢复快。是否做腹腔镜手术需要根据患者的情况决定，腹腔镜需要全身麻醉、建立气腹，只要能耐受这两点，所有的卵巢良性囊肿都可以做腹腔镜手术。还有一些性质不清楚的早期肿瘤，包括早期卵巢的恶性肿瘤也可以做腹腔镜手术，所以卵巢囊肿首选的治疗方案是腹腔镜手术。
腹腔镜手术对广泛的患者都很合适，它的优点是微创、美观、恢复较快。常规的良性手术比如子宫切除，手术以后第一天就可以恢复正常饮食，周转比较快的患者术后48小时左右就可以出院，术后第二天就可以逐步恢复正常饮食，因为手术过程有一个麻醉的术前肠道准备过程，所以饮食要逐步恢复，但是不受影响。卵巢囊肿有肿瘤病灶切除再长的问题，只要保留卵巢就有可能再长卵巢囊肿，术后的注意事项是观察体温、恢复的情况，后期要注意定期复查。