颅骨凹陷整复手术有一定风险。风险可分为：1.麻醉风险。主要在手术中出现，因麻醉而出现呼吸、心跳停止。2.手术本身的风险。手术本身的风险主要有手术中出血、损伤重要的功能区及神经血管等，从而引起严重并发症以及功能损伤。
重型颅脑损伤最常见的并发症：
重型的颅脑损伤包括外伤的原因，包括不可预见的天灾人祸，颅脑损伤可造成神志障碍，神经功能破坏、瘫痪、昏迷甚至发生植物人等情况。
严重情况下抵抗力低，可出现很多并发症。如严重感染、呼吸道感染，泌尿系感染，重伤颅脑损伤患者常要卧床，在卧床过程中可出现褥疮、功能位置的不良反应，没有很好的护理肢体功能位置，可造成肌肉萎缩、肢体变形、关节变形等并发症。如重要脏器损伤，肝肾功能、心脏功能、内分泌系统等，最后引起脏器衰竭，出现心衰、肝肾功能严重改变等。