单纯性肛瘘在治疗后，出现复发的几率很少，但如果因治疗不及时，拖成复杂性肛瘘，导致出现两根或三根管，这种肛瘘就有复发的可能。其实严格地讲不叫复发，可能是因为手术中瘘管闭合，医生遗漏，因为患者复发次数太多，医生已经分不清楚哪是瘘管哪是瘢痕，遗漏势必会再出现肛瘘。如果肛瘘有一圈感染源，那么这些感染源会相继再生，从严格意义上讲这不叫复发，可以说成再生。很多病人疑惑为何术后还会复发，主要是因为以上两点原因。
肛瘘怎么办：
得了肛瘘后一定要及时手术。如果不手术，肛瘘是不能够自行愈合的，它会经常反复的发作、反复的流脓血，最后还是需要手术。所以，得了肛瘘后，尽量不要有侥幸的心理，有时虽然会暂时性地通过自己的抵抗力或者通过用抗菌消炎的药物，压制住肛瘘，可能流脓血少了，甚至不流脓血了。
但这只是一个暂时的状态，因为肛门里有感染源会不断地产生脓，这时就会使肛瘘不断的排脓血、不断的肿痛、反复的发作。所以，一旦得了肛瘘，要尽量选择一次性的根治手术。
什么是肛瘘：
肛瘘是指肛周脓肿破溃或切开后，造成肛周的感染或后遗的疾病。典型的肛瘘由外口，瘘管和内口组成。
外口在肛门边上，外边可视。外口的数量有一个到多个不等；瘘管的数目和形状不一样，有的瘘管是一个管，有的瘘管是弯曲的管，而且有些肛瘘分叉，不仅有主管，还有支管，甚至更复杂，如可形成马蹄形、螺旋形等；
内口的数量，位置也各不同，一个或多个，位置高或低。如内口在肛隐窝，化脓性肛瘘，位置不高。但是如果内口是因外伤或肠道炎性疾病造成，如不小心吃了鸡骨头、鱼刺等，扎到肠壁上引起感染，内口位置可较高。
肛瘘的治疗：
肛瘘虽可口服清热、利湿、解毒的药物及通过药线的局部换药处理来达到闭合，但这种情况较少，大部分肛瘘需通过手术来根治。肛瘘手术需注意：
第一、要正确寻找和处理管道、内口，否则会造成创面不愈合或瘘管反复发作。
第二、要注意保留肛门括约肌的功能，如果破坏括约肌，损坏肛管直肠环，可能会造成肛门失禁。
第三、注意术后换药处理，处理不当会造成假性愈合。所以，通常认为肛瘘是需要手术治疗的疾病，各种教材均提到以手术治疗为主，其他治疗为辅。
肛瘘和痔疮属于截然不同的两种疾病。痔疮属于血管性疾病，主要以静脉曲张为主，而肛瘘是感染性疾病，主要是大肠杆菌引起的软组织感染，先形成脓包，之后肛周脓肿，然后慢慢破溃流脓形成肛瘘。肛瘘和痔疮症状也不同，痔疮的症状主要以便血脱出为主，偶尔伴有疼痛，而肛瘘主要以肿块流脓为主，因分泌物太多引起肛周皮肤病变，会伴有瘙痒。肛瘘包块较硬，而痔疮较软，且肛瘘肿胀时会出现疼痛，但痔疮不发作无疼痛感。肛瘘流血主要是破溃眼出血，痔疮出血为喷射状，情况完全不同。
肛瘘检查首先为视诊，检查体位为侧卧位，视查如果肛门外有破溃口或炎性增生脓液分泌，则会怀疑为肛瘘；方法二是指诊，指诊是医生用手指沿外口往肛门内摸，检查是否能摸到像筷子或锁条样的瘘管。另外到肛门内部做内指诊，也是用手指摸，检查是否有内口。此外括约肌处有瘘管，也会有明显的锁条或硬结；方法三是探针检查，用一根较细的探针从外口探入，探测是否有瘘管；方法四是B超检查，尤其针对高位复杂性肛瘘，专业B超师能够测出瘘管；方法五是核磁，比较有经验大夫能够利用核磁看出瘘管走形。