血浆置换几乎没有致命性的副作用，因为现在血浆置换的技术比较先进，但是会有一些相关的副作用。比如会有一些反应，病人用血浆置换以后，会有和膜发生生物相容性，会发生一些透析反应；或者会有把血引出来以后，会出现低血压反应；或者会有凝血的反应，因为它是一个体外循环，要建立血管通路；或者是个体外循环抗凝有问题。但是一些致命性的不良反应不多见，所以现在血浆置换的治疗还是比较安全、可靠的治疗手段，相对不良反应还是比较少见。
血浆置换和血液透析是两个治疗不同领域疾病的方法。血浆置换是比较特殊的血液净化方法，在血液透析的基础上发展而来；血液透析主要是尿毒症维持生命的一种方法。血浆置换是治疗复杂、疑难、顽固免疫系统疾病的方法，各个系统疾病都会用到，不只是肾脏病，比如神经内科的格林巴利、重症肌无力，风湿免疫科的类风湿性关节炎、狼疮等，尤其是家族性高胆固醇血症，或者严重的高脂血症。所以，血浆置换和血液透析在操作上可能差不多，但是治病的范围和用途完全不一样。
血浆置换的清除速度、合成速度是不一样的，因为每种病的致病物质分子量不一样。血浆置换是一种清除中、大分子的方法，置换的原则是隔日做一次，一共做五到六次，或者是连续做两周左右。如果血浆置换的疾病有评判指征，比如肾科的病会有抗体检测，就要做到抗体阴性为止；如果这个病没有明确的抗体检测，就观察临床表现，一般做的频率是隔日一次，连续做五到六次；因为每种疾病不一样，做的频次也不一样。但是统一的大概方案是隔日一次，做两周到三周，可以根据患者情况而定。
血液透析的并发症分为急性并发症和慢性并发症。血液透析急性并发症是在透析机上，或者和透析相关过程中患者发生的并发症：比如在透析的四个小时中，部分患者会发生血压高或者低血压；第一次透析的病人会发生失衡、过敏反应，以及透析器的过敏或者热源反应，这些都是急性的并发症。慢性并发症的并发症，因为透析病人在常年透析治疗中，毒素可以侵犯到每一个系统、器官，会引起肾性贫血、肾性骨病、肾性高血压、尿毒症，心脏病、脑病。所以，透析病人并发症较多，出现并发症应该及时处理。
尿毒症是指患者肾功能不好，出现血肌酐不断升高、肌酐清除率下降。血肌酐升高超过707微摩尔每升，或者肌酐清除率下降小于15毫升每分钟，就可以诊断为尿毒症。在尿毒症阶段，患者会出现水、电解质代谢紊乱和酸碱平衡失调，由于毒性代谢产物在体内大量潴留而呈现消化道、心、肺、神经、肌肉、皮肤、血液等广泛的全身中毒症状。尿毒症期患者，可能需要替代治疗，包括血液透析、腹膜透析或者肾移植。尿毒症期患者，各种慢性肾衰竭的并发症也会更严重，所以患者应该密切注意并发症的发生。
血液透析需要给病人进行穿刺操作，每次透析需要在病人的手或者上臂做造瘘口，进行穿刺把血液引流出来。所以，血液透析最主要的是注意并发症发生。因为穿刺过程中，可能会出现感染、出血等并发症；其次，在透析过程中，透析初始阶段引出体外的血液较多，通常一次会引出200毫升左右血液，部分患者可能会出现低血压。长期血透的病人可能会出现心脑血管并发症，比如冠心病、心梗、脑血栓、脑血管意外，通常患者发生这些风险的发病率比不需透析的病人明显增高。