目前在医学研究领域上，先天性肠闭锁暂时没有明确的病因，也就是说到目前为止还没有发现致病的具体病因是什么，所以理论上没有办法预防。但是应该注意，在孕中前期的24周之内，要特别注意病毒的感染、有害毒物的接触、情绪的变化，来预防新生儿的先天性肠闭锁。
先天性肠闭锁是否严重，要从两方面考虑。第一是患者肠闭锁是否为单纯性、简单性的肠闭锁；第二是否合并有其它器官和脏器的多发畸形。如果仅仅是单纯性的肠闭锁，它不是很严重的疾病，通过手术治疗多数都能获得比较满意的效果；如果它合并其它脏器器官系统多发性畸形，或者是多发性闭锁或者是多段分布的闭锁，那就是比较严重的疾病，因为手术中，医生不能过多的切除患者的肠管，可能会造成手术后产生短肠综合征，从而给孩子的生存和生活质量产生极大的危害。