小儿十二指肠梗阻手术前主要是进行综合方面的检查，尤其是全身状况的检查。如果孩子长时间呕吐，可能会造成脱水、营养不良、酸中毒，要针对这几种情况进行适当的纠正；同时由于小儿十二指肠梗阻可能还合并有其它器官和脏器的多发畸形，在手术前还要进行针对性的检查；其次因为患者长期呕吐可能会造成反流性肺炎，患者应该进行适当的纠正，采取有利的措施。因为小儿十二指肠梗阻经常不能在第一时间得到及时的治疗，会造成梗阻点近端肠壁的肥厚、功能的障碍、蠕动的减弱，所以术后孩子会造成间断或者持续或是不定期的轻微呕吐，临床上称为“三点式”，即吃点、拉点、吐点，此时术后要特别密切关注，根据孩子的情况不同，大体上要维持一个月甚至三到四个月，这是术后需要家属重点关注的。
先天性十二指肠梗阻是属肠管发育障碍性疾病，病儿可伴有其他发育畸形。先天性十二指肠闭锁一经确诊应立即进行手术。小儿十二指肠梗阻的手术要根据具体的诊断，采用具体的手术方法。目前手术分为两类，一类是微创手术的方法，一类是常规的开腹手术方法。针对旋转不良一般采用常规的Ladds手术方法；如果患者是膜式狭窄，可以通过切开肠壁去掉隔膜，重新修复肠壁的手术方法；如果是环状胰腺，现在首选的是进行十二指肠的侧侧吻合或者菱形吻合，甚至进行十二指肠空肠壁室吻合的手术方式。