新生儿十二指肠梗阻手术目前比较成熟，经过多年的发展，从基层医院到专科医院、专业专科的儿童医院，临床上手术案例很多，从手术技术考虑，要求并不是特别的高，手术难度也不大。所以，排除意外情况的发生，应该说手术的风险相对较小，手术的成功率较高，术后的恢复较快。总体上来说手术效果比较满意。
手术前要进行综合方面的检查，尤其是全身状况的检查。如果孩子长时间呕吐，可能会造成脱水、营养不良、酸中毒，要针对这几种情况进行适当的纠正；同时由于小儿十二指肠梗阻可能合并有其它器官和脏器的多发畸形，在手术前还要进行针对性的检查；其次因为患者长期呕吐可能造成反流性肺炎，患者应进行适当的纠正，采取有利的措施。小儿十二指肠梗阻经常不能在第一时间得到及时的治疗，会造成梗阻点近端肠壁的肥厚、功能的障碍、蠕动的减弱，所以术后孩子会造成间断或者持续或是不定期的轻微呕吐，术后要特别密切关注。