先天性食道闭锁的并发症非常多，术后短期内出现的并发症主要是吻合口瘘，在处理起来也是最棘手的；中长期术后的并发症主要是吻合口的狭窄，处理起来也比较麻烦，因为它的特点是病程长、治疗效果不明显，会有术后遗留的问题，给孩子造成的危害较大，如不能正常的生长发育、营养状况明显较同龄孩子滞后，同时术后还可能合并有气胸、液胸、脓胸、脓气胸、血胸以及胸腔感染、纵隔感染等，而这些并发症出现后，治疗上都有一定的难度。
先天性食道闭锁对手术时间的要求不是特别的严格，先天性食道闭锁术前的准备是多方面的，不要求患者第一时间做手术，所以术前有充足的时间去做准备。术前护理包括呼吸道管理、保暖、生命体征监测以及配合医生完成相关检查,另外还要把肺里的情况判明，调理得当，把口腔的分泌物彻底地、充分地进行吸除，同时还应对其身体内的综合状况进行调整，尤其是新生儿在出生一星期之内的脱水状况，要及时进行补充和适当改善水电解质、营养状况。
妇科手术后肠胀气。