先天性食道闭锁的分类和类型，目前在国际上公认是五类，根据气管和食管、气管瘘和食管之间的关系，大体分为五类。最常见的是第Ⅲ型，Ⅲ型又细分成两型，比较多见的是ⅢB类，大概占全部先天性食管闭锁的95％左右，其它的类型相对比较少见；最少见的类型是Ⅰ型食道闭锁，发病率最低，治疗也最困难。
先天性食道闭锁的术后并发症为多种多样，主要分为两方面。一、短期并发症，肺炎、胸腔感染、切口感染、吻合口瘘等。因为食道闭锁本身两端之间有距离，将它们吻合在一起，手术后会有一定的向两端的张力，所以会发生吻合口的瘘，处理起来也是非常棘手。二、远期的并发症，主要是吻合口的狭窄，食道闭锁吻合口术后容易形成疤痕、狭窄，它的病程长且治疗效果不明显，遗留的问题会影响孩子的发育，而且营养状况也会明显比同龄孩子要滞后。