儿童肾病综合征预后总的比成人要好，预后与病理改变、是原发还是继发有一定的关系。如果儿童是原发性肾病综合征、微小病变，预后一般较好，90％可以治好，但会有一定的复发，一般复发发生在一年之内，之后会逐渐恢复。如果患者是继发性，要治疗原发病，由狼疮引起要治疗狼疮，但是狼疮是免疫性疾病，不可能彻底的根治，有时可能会复发，紫癜肾，患者会随着过敏的增加复发。所以小孩的肾病综合征好与不好，与病理类型和原发或继发有一定的关系。
儿童肾病综合征的预后转归与病理改变、原发或继发密切相关。原发性肾病综合征、微小病变时，预后一般较好，90％对激素治疗有效，其中85％可复发，一般复发发生在一年之内，之后会逐渐恢复。继发性肾病综合征时，要治疗原发病，由狼疮引起要治疗狼疮，狼疮属于免疫性疾病，不可能彻底根治，有时会出现复发。因此，儿童肾病综合征要早发现、早诊断、早治疗，防止病情的进一步发展，儿童肾病综合征的治疗包括一般治疗、激素治疗、免疫抑制治疗以及对症治疗。