良性的胃肠道间质瘤通过手术切除，可以彻底治愈。恶性的间质瘤需要结合它的恶性程度，肿瘤分期，个人体质，有没有淋巴结转移，有没有脏器转移，手术能否彻底切除以及术后对于格列卫等化疗药物的反应情况，来确定预后的情况。
消化管道里面的间质细胞如果发生恶性增生或者是发生了一个良性的不断的不能控制的增生，都叫做间质瘤，越大恶性度可能就越高。60％~70％的胃肠道间质瘤发生于胃，由于症状不明显，又缺乏特异性，往往难以早期发现，强调早期诊断来定期的复查。