胃肠道间质瘤没有什么明确的预防的办法，要保持一个良好的生活饮食习惯，不要过多的吃咸而辣的食物，不吃过热，过冷，过期及变质的食物，年老体弱或有某种疾病遗传基因者，酌情吃一些防癌食品和含碱量高的碱性食品，戒烟限酒，保持良好的精神状态。
大部分胃肠道间质瘤发生于胃（50~70％）和小肠（20~30％），结直肠约占10~20％，食道占0~6％，肠系膜，网膜及腹腔后罕见，比较容易发现的是食管的间质瘤，最不容易发现的是小肠的间质瘤。胃肠道间质瘤的症状依赖于肿瘤的大小和位置，通常没有特异性。
胃肠道间质瘤的治疗取决于肿瘤分期和大小，如果是比较小的惰性的间质瘤，可以不予处理。如果有症状，而且是良性的间质瘤，可以采取手术治疗，就能达到治愈的效果。如果是恶性的间质瘤，需要做一个根治性的手术或者是配合药物化疗。
良性胃肠道间质瘤在腹腔镜下微创手术以后，术后没有什么特殊处理。如果是恶性胃肠道间质瘤，需要做根治性的手术，如果有淋巴结或者是脏器转移，或者是不能做手术，可以采用格列卫等药物遵照医嘱，按照疗程进行化疗，定期复查。
胃间质瘤通常被认为是潜在恶性的肿瘤，即有恶性的可能。实际上胃间质瘤就是恶性肿瘤，它在小的时候，转移的几率比较小，但长到一定程度之后，转移的概率会变高。从它的生物学行为来讲，胃间质瘤属于恶性肿瘤，它的严重程度取决于几个方面：第一、取决于肿瘤的大小；第二、取决于它的肿瘤的生物学行为，包括核分裂象这些指标。如果发现的早，分期早，瘤就能治愈，恶性程度就低；如果发现的晚，有广泛的腹腔转移或者肝转移了，那治疗效果就很差了，属于晚期疾病，也就是胃间质瘤。