胃肠道间质瘤的症状依赖于肿瘤的大小和位置，小于5mm以下的肿瘤，基本上没有什么症状，长得比较大的肿瘤，可能会出现消化道梗阻的症状。胃肠道出血是最常见的症状，而在食管，吞咽困难的症状往往也常见，部分病人可以因肠穿孔就诊。
胃肠道间质瘤没有什么明确的预防的办法，要保持一个良好的生活饮食习惯，不要过多的吃咸而辣的食物，不吃过热，过冷，过期及变质的食物，年老体弱或有某种疾病遗传基因者，酌情吃一些防癌食品和含碱量高的碱性食品，戒烟限酒，保持良好的精神状态。
出现了胃肠间质瘤这个疾病，要注意一日三餐的合理搭配，平时吃饭一定要注意细嚼慢咽，不要暴饮暴食，最好吃八分饱。因为疾病本身可能会造成患者出现胃部的不适，甚至会出现严重的胃痛，所以如果出现胃部不适，一定要到医院进行及时的检查和治疗。