肝移植术后的并发症可以分为早期并发症和晚期并发症。早期并发症有胆道的出血、胆道的感染、肝动脉血栓及胆漏；晚期的并发症更多见的是肝功能异常，包括排异反应、病毒性肝炎的新发或复发和胆道、肺部及泌尿系统等部位感染。
肝移植术后排异分为超急排、急排和慢性排异。但是超急排发生的概率非常小。发生排异后，患者可能会出现乏力、厌食、皮肤黄染以及巩膜的黄染。若患者插有T管，则可看到胆汁引流液颜色变淡、量变少和胆汁稀薄。但有些患者可能没有任何症状。
肝移植术后是能够妊娠的。对于肝移植受体来说，在怀孕之前的状态下，一定要保证健康，另外一个最重要的是免疫抑制剂的使用。但只有他克莫司这种免疫抑制剂是可以在妊娠期服用的，所以在怀孕之前提前一年就要将抗排异药改为单用他克莫司。