颅脑先天畸形的治疗方法分很多种，有些颅脑畸形很难通过目前的医学手段进行治疗。有一些颅脑先天畸形可以手术治疗，比如脑膜脑膨出，比如巨大的颅裂，这都要通过手术治疗；再比如脑积水，也可以通过手术来治疗；比如有些引起的癫痫，可以长期口服药物或者通过手术治疗。如果患者有一些肢体的障碍，可以通过功能康复进行治疗；智力的障碍，通过后天的干预进行治疗也能起到一定的作用。
颅脑畸形的原因：
颅脑形成畸形的原因，与神经系统其他的畸形所形成的原因一样，虽然在医学界有很多学者，已经进行了大量的有关于颅脑畸形成因的相关研究，可是依然无法说明产生颅脑畸形这一情况的具体原因，但是还是发现颅脑畸形与以下几个因素相关联，比如基因的问题，遗传的问题，还有先天发育的问题，比如宫内先天发育的情况。宫内先天发育的情况可以受到一些病因的干扰，如毒物、化学品、病毒的感染、细菌的感染、在孕早期放射线的影响，还有营养问题等等因素，这些情况的产生都可以构成先天畸形形成的原因。
但是对于某个具体的病例，很难确定其产生颅脑畸形的原因，只能说以上提到的这些种种因素，对于颅脑畸形的形成，都会产生相关的影响。