卵巢囊肿和多囊卵巢是两个截然不同的疾病。卵巢囊肿是女性卵巢的一个良性肿瘤，但是多囊卵巢是整个女性的性腺轴出了问题，就是女性的下丘脑、垂体、卵巢轴出现了内分泌失调造成的继发改变。它的多囊样的改变不是囊肿，是女性的性激素比例失调之后，造成了在超声影像学来讲，卵巢的切面有可能会在12个以上的多泡样改变，提示是多囊样的改变。所以处理起来也是截然不同的，多囊卵巢综合征，一般多激发了月经的稀发、肥胖，包括病人不排卵有很多的问题，所以它是通过内分泌来治疗；卵巢囊肿是通过手术来治疗，所以这两个病是截然不同的。
怎么判断是生理性囊肿：
一个生育年龄的妇女，每个月都会有排卵，生理性的囊肿，排卵以后卵泡就塌陷了，塌陷以后再做检查的时候，它就会消失，那么怎么判断它是生理性囊肿呢？首先，我在这个月看到了卵巢长了个囊肿，直径两三公分或者是三四公分， B超能看到卵巢囊肿，周边还会有些血流信号。
那么，再隔两三个月以后再去复查，如果这个囊肿消失了，那么这个时候生理性囊肿的可能性就非常大，如果说这个囊肿还存在，那么在这个时候你就应该考虑它是不是还是一个生理性的囊肿，除了卵巢囊肿的直径以外，还要看卵巢的囊内液，如果囊内液很清亮，那么它的生理性囊肿的可能性也比较大，如果说囊肿的周边血流信号很少，或者是没有，这个时候它生理性囊肿的可能性也比较大。
卵巢囊肿影响怀孕吗：
卵巢囊肿分生理性和病理性。生理性的卵巢囊肿有时会随着孕期增大。当大于五公分的时候，可能会引起蒂扭转。病理性的卵巢囊肿则主要是巧克力囊肿，这种患者往往会引起机体内环境改变，会引起不孕或者是先兆流产或者是胎停的可能，所以对受孕有一定的影响。
建议患有巧克力囊肿的女性进行手术切除囊肿后再备孕，这样对怀孕的影响就不会很大，并且患者也不会因为囊肿的增长对胎儿造成影响。所以患者一旦发现卵巢囊肿，建议及时就医，让医生给出合适的方案。
卵巢囊肿常分为两类：非赘生性和赘生性囊肿。非赘生性囊肿常为生理性排卵后的卵泡变成黄体，若黄体过大可形成囊肿，下次月经即可消失；而赘生性囊肿种类较多，如：上皮性囊肿、浆液性囊腺瘤、粘液性囊腺瘤、子宫内膜异位囊肿等，不随月经变化，只会越长越大。
卵巢囊肿的原因：
导致女性体内发生卵巢囊肿的原因非常复杂。一般女性患上卵巢囊肿的原因，可能与家族遗传因素、内分泌激素水平异常、生活方式不规律、压力过大，还有环境污染等一系列的因素有关。
平时在临床上，医生最容易发现的病变部位是宫颈的病变，可以通过打开窥器，进行妇科检查来观察到宫颈的一系列病变。在临床上，最难发现的病变是卵巢肿瘤，而且导致卵巢肿瘤的病因，目前也不是很清楚。卵巢肿瘤可以分为良性肿瘤以及恶性肿瘤。在临床上，一般发现卵巢囊肿，主要还是需要依靠辅助检查的方法，来发现囊肿的存在。通过进行妇科检查，如果囊肿长到一定的程度，可以在附件区摸到包块。在临床上，最常见的能够发现卵巢囊肿的方法是超声检查。
一般小的卵巢囊肿对生育影响不大，良性的或者是生理性的囊肿不需要特别治疗；囊肿较大或双侧，有可能妨碍输卵管的输卵，会影响受孕，可考虑手术剥除。有些囊肿在生育期会有一些异常的表现，比如卵巢囊肿再继续增大到一定时候可能会出现卵巢囊肿扭转或卵巢囊肿破裂的风险。所以如果在怀孕之前能明确是病理性的卵巢肿物，在怀孕之前就要做相应的处理，减少怀孕后再做手术，在怀孕之前选择性更富裕。囊肿的大小如果维持不变或增长速度不快，一般不影响怀孕。