大部分手足口病没有后遗症。因为手足口病本身是由病毒感染，如果是轻症，没有发热，没有并发症，都能够完全痊愈。但是个别手足口病患儿，尤其是三岁以下的孩子，出现并发症，例如出现无菌性脑炎、脑膜炎、病毒性肺炎，手足口病可以导致一些并发症，尤其是脊髓受损伤以后，孩子可以出现永久性的肢体的障碍，比如小儿麻痹症，出现行走困难，或者是出现一些后遗症。
手足口病怎么治疗：
手足口病的治疗，首先要了解引起手足口病的原因，然后对症治疗。大多数的时候，手足口病由肠道病毒-柯萨奇病毒引起，因为种类不同，治疗方式不一。比如孩子发热时给一些退热的治疗，可以适当的使用一些清热解毒的药。
口腔疱疹严重时，可以局部喷缓解的药物，因为疱疹存在时，小孩进食会受影响。此外如果体温比较高，可以用退烧药。因为不同的孩子手足口病引起的原因不同，为了防止进一步加重或者传染，在这过程中要注意让孩子避免和其它孩子接触。
手足口病症状：
手足口病多在幼儿时期发作，在临床上会经常见到孩子的手、足和口腔内出现疱疹。手足口病一般从口腔开始，咽部会有一些小的疱疹。因为这些疱疹有的存在吞咽比较有受影响的部位，所以此时孩子可能表现为不愿意进食和水。
但是多数的手足口病还是以发热和伴口腔咽部、手和足部的疱疹为主要临床表现，可能也会伴有发热或者是精神状态不好，如果是重症的手足口病，若有合并脑炎等脑部疾病的情况，此时会出现一些心脏的并发心肌炎现象等等。
手足口病是以手、足、口出现水疱为特征，病情轻而短暂，儿童多见。大部分手足口病患儿不会留下后遗症。因为手足口病本身是消化道传染性疾病，如果是轻症，没有发热以及并发症，1到2周就能彻底痊愈。但是个别手足口病患儿，尤其是三岁以下的孩子，容易出现并发症，若治疗不及时可能会出现例如无菌性脑炎、脑膜炎、病毒性肺炎等并发症，极个别孩子脑炎非常严重会导致脊髓炎，脊髓受损伤后，会留下少数神经系统的后遗症，例如肢体瘫痪。
EV71型手足口病疫苗是中国领先研发的创新型疫苗，该疫苗用于预防EV71感染所致的手足口病，是目前唯一可用于预防手足口病的疫苗。家长是否给孩子接种手足口疫苗，取决于个人需要，国家并未强制接种。如果三岁以下的孩子，所在地流行手足口病，则专家建议接种，因为接种疫苗后可以降低感染机率，而且即使感染手足口病，症状也会减轻。五岁以上的孩子不一定要接种，因为相对来说患重症的概率很低。孩子在没有发烧、腹泻以及过敏等情况下可以接种手足口病疫苗，如果出现某些不良症状，则不适宜接种。
手足口病初期会出现皮疹，一般第一天发热和皮疹会同时出现，少数人会伴有咳嗽、流鼻涕等症状。但手足口病的主要特点是发烧和皮疹，皮疹一般出现在手足、口腔和臀部，口腔中的咽后壁、舌头上，还有口腔黏膜上会出现一些疱疹，周围伴有红晕，手足、臀部的皮疹也是中间有疱疹并且伴有红晕，有的人表现为斑丘疹，甚至是不典型的、比较硬的红色丘疹。大多数孩子在手足口病初期，即出现发热出疹之后痊愈，只有极少数人群会出现脑炎等并发症。