大肠癌可在结肠镜下治疗，近年来随着技术的发展，治疗的方法也越来越多，可将肿瘤进行切除、凝固、汽化，或使之坏死、脱落，或治疗肿瘤引起的狭窄梗阻、出血并发症。临床常用的方法有以下几种：高频电刀粘膜切除法、热消融疗法、微波疗法、肿瘤局部注射、光动力治疗等，可根据具体情况和肿瘤的分期分型进行选择，亦可采取两种和多种方法联合应用，提高疗效。
(1)早癌黏膜切除术
内镜下粘膜切除术(endoscopic mucoresectomy，EMR)治疗早期大肠癌，是随着内镜治疗技术不断进步逐渐发展起来的。针对肿瘤的大小和深浅，可采取圈套、切割等方法，将早期肿瘤完全切除。
(2)热消融术
可在结肠镜下采取激光、高频电刀、氩气刀、射频和微波等热消融术，对肿瘤进行高温凝固、切割、气化等治疗。适应证为：
①早期大肠癌：黏膜下较表浅、无淋巴结转移的早期大肠癌热消融可达根治效果。
②晚期大肠癌：主要针对合并梗阻的患者，可以减轻梗阻症状，改善患者的进食状况，达到姑息性治疗目的。
(3)结肠镜下局部注射化学药物
在结肠镜下将抗癌药物直接注射到肿瘤组织中，通过药物的局部作用使其坏死脱落，达到杀灭癌细胞、破坏癌组织的目的。常采用多点注射法，将化疗药物(如顺铂、丝裂霉素、博莱霉素、平阳霉素、5-氟脲嘧啶等)注射到大肠癌，以及大肠癌术后吻合口复发等局部晚期肿瘤，以解除癌性狭窄，可部分缓解患者症状，起到局部姑息治疗作用。
(4)结肠镜下的光动力治疗
经结肠镜早期大肠癌黏膜切除术、热消融术和局部注射药物后，仍可能有肿瘤残留，光动力治疗可彻底消灭残存肿瘤细胞，防止术后复发。
光动力治疗结直肠癌的优点是愈合过程中不会引起疤痕性狭窄，因为胶原未被破坏，故不会减少结肠的机械性张力。目前认为，光动力治疗尤其适用于治疗结直肠腺瘤和小的癌肿。结肠癌光动力治疗后，出血停止，便秘消除，无瘤生存期明显延长。光动力治疗还能有效控制并发放射性直肠炎患者的里急后重、疼痛和出血等症状。
(5)结肠镜下的微波凝固治疗
结肠镜下微波加热肿瘤组织温度达42℃~44℃，可使肿瘤而使其发生变性、坏死、脱落，抑制肿瘤细胞生长。
随着结肠镜和内镜下治疗技术的发展，镜下治疗肿瘤的方法还将进一步增多，如125I离子植入、基因治疗等。
转移性大肠癌就是肠癌转移了，原发于大肠的癌转移到其它地方，也就是结肠癌肿瘤细胞从原发部位侵入淋巴管，血管或其他途经被带到它处继续生长，形成与原发部位肿瘤相同类型的肿瘤，这个过程成为转移，所形成的肿瘤成为转移瘤或转移癌。转移是结肠癌恶化的特征。大肠癌最常见的转移部位是肝，其次是肺，或者其它部位，可能是骨头、脑或者是其它部位的罕见转移，但是最常见的转移部位是肝和肺。概括来讲就是，如果原发于大肠的癌转移到其它部位了，就叫转移性的大肠癌。